Ajansın danışma organı olan Kalkınma Kurulu, bölgesel gelişme hedefine yönelik olarak; bölgedeki kamu kurum ve kuruluşları, özel kesim, sivil toplum kuruluşları, üniversiteler ve yerel yönetimler arasında işbirliğini geliştirmek ve ajansı yönlendirmek üzere oluşturmuştur. Fırat Kalkınma Ajansı Kalkınma Kurulu 25 Temmuz 2009 tarih ve 27299 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuş olup üyeleri aynı kararın eki liste ile belirlenmiştir. Ajansın ilk Kalkınma Kurulu toplantısında Bingöl Çevre ve Orman İl Müdürü Bedrettin Taşkesen başkan ve Fırat Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. A. Feyzi Bingöl başkan vekili olarak seçilmiştir.

2 yıllık Kalkınma Kurulu Başkanlık süresinin dolması üzerine 21 Temmuz 2011 tarihindeki toplantıda gerçekleştirilen seçimle; BİLSAM (Bilgi Yolu Eğitim Kültür ve Sosyal Araştırmalar Merkezi) Başkanı Prof. Dr. İbrahim Gezer Kalkınma Kurulu Başkanı olurken, Fırat Üniversitesi Öğretim Üyesi Prof. Dr. Erhan Akın Başkan Vekili olarak seçilmişlerdir.

Kalkınma Kurulu’nun Görev ve Yetkileri:
5449 sayılı Kanun’un 9. maddesi hükümlerine göre Kalkınma Kurulu’nun görev ve yetkileri şu şekildedir:
a) Tek ilden oluşan bölgelerde yönetim kurulunda yer alacak özel kesim ve/veya sivil toplum kuruluşları temsilcilerini ve iki katı yedeklerini sırasıyla seçmek.
b) Ajansın yıllık faaliyet ve iç denetim raporlarını görüşmek, değerlendirmek ve yönetim kuruluna önerilerde bulunmak.
c) Bölgenin sorunlarına ve çözüm önerilerine, tanıtımına, potansiyeline ve önceliklerine yönelik olarak yönetim kuruluna tavsiyelerde bulunmak.
d) Toplantı sonuçlarını Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığı’na raporlamak ve toplantıya ilişkin bir sonuç bildirisi yayımlamak.